推进分级诊疗目前遇到的最大问题在于基层卫生人才匮乏，特别是中西部欠发达地区。2015年，农工党中央医药卫生工作卫生委员会的“基层卫生人才匮乏”调研课题发现，主要问题集中在以下四个方面。
1.基层医疗机构卫生从业人员编制，是人才匮乏的主要原因。来自吉林、陕西的材料显示，编制问题致使很多基层人员无法享有财政工资补偿政策。然而，新医改赋予基层医疗机构的工作任务日益繁重，乡镇卫生院不得不自筹资金，聘用临时人员开展日常工作，加重了乡镇卫生院的负担。
2.编制与财政拨款不同步，使基层卫生从业人员无法享受相关待遇。云南调查数据显示，由于乡镇级医疗单位受到财政能力限制，各地普遍存在“有编制而不能招”的问题。县级为减轻财政负担，人员只退不进，而乡镇卫生院没有用人自主权。编制与财政拨款不同步，导致具备人员编制的基层卫生人员无法享受相应的待遇。
3.中西部大部分地区乡镇医疗机构基础设施落后。河南省的调研发现，受执业环境、生活待遇、后续发展等因素影响，符合资质的人不愿来，来了也留不住，导致越是基层人员越短缺。
4.基层卫生从业人员培训、晋升遇到困难。山西、云南、河南的调研数据均显示，目前，中西部地区的人才培养存在很大缺陷，比如中西部大部分医学院校没有设置全科医学系；基层医疗单位的定向人才培养机制不健全，全科医学生的学位授予和行业认知度存在瑕疵等。
针对上述问题，可从四个方面改善。
首先，相关部门在基层卫生人员编制、财政保障计划方面，要制定中西部优先的人才输送机制，并保障卫生费用的及时划拨和监督使用，有效引导应届医学院校毕业生、县级医院高年资医生以及乡镇村医的合理流动。
其次，试行“县召乡用”、“基层派出”机制等人事制度改革。调研发现，一些地区实施“县招乡用”机制有效解决了乡村医生没有相应待遇、职称晋升障碍等后顾之忧。
再次，提高基层医疗单位人才待遇刻不容缓。财政、人社等部门要根据乡镇卫生院人员的执业资质、工作类别、艰苦程度等，建立乡镇卫生院岗位津贴制度。相关职能部门还要加快制定乡镇卫生院人员子女入学、住房照顾的政策。
最后，建议教育部在中西部医学院校优先设立全科医学系，逐步试行“全科医学系定向免费生”制度，并考虑从生活、经济等方面调控，以保证人才输送。
