在多次质疑、申诉无果后，刘群最终选择了起诉。2010年6月30日，同时也是重庆市医药行业协会副会长的刘群，其所控制的三家公司状告重庆市卫生局医药招标违法案，在重庆市渝北区人民法院公开审理。
三公司起诉称，重庆市卫生局在基本药物集中招标采购的评标、定标过程中，遴选标准设置极不合理，同时还以不当理由，使得这三家制药公司部分高质、高产、低价的参选药品不能入围。
此案在重庆医药界引发广泛关注。多位民营药企负责人向本刊记者表示，他们也面临招标不公的问题，有的企业甚至因为未能中标而面临倒闭。他们将静观此案的最终结果，决定是否也要起诉。
自2009年新医改方案正式实施以来，有关基本药物和补充药物必须统一招标采购的规定引发了广泛的争议。卫生行政部门将此举视为减少药物流通环节和有效降低药价的手段，但同时，一年多以来，因质疑药品招标不公，药企状告卫生部门的事件屡次发生。
为何状告卫生局
此次状告重庆市卫生局的三家公司――重庆天圣制药集团股份有限公司、湖北天圣清大制药有限公司、湖北天圣康迪有限公司，均为刘群旗下企业。
2010年5月17日，在经过专家组定量评价、定性评价和议价后，重庆市2010年基本药物集中采购的预入围结果产生，并陆续开始对外发布。
三原告发现，他们投选挂网基本药物和其他基本药物共56种，最终入围的仅为37种。他们认为，“被告在评标、定标过程中，遴选标准设置极其不合理，更以不当理由排除其高质量、高产量、低报价的部分参选药品入围，致使原告的合法权益受到严重损害。”
根据《重庆市基本药物集中采购实施方案》(2010年)的规定，对竞标药品的质量评价指标包括临床疗效评价、安全性评价、企业排名、质量标准、是否有过劣药记录、品牌、生产管理质量等，总分为65分。其中，企业排名分值最高，为22分;安全性评价占15分。
刘群表示，他的公司在全国医药工业企业排名第68位，在100名以内，就排名而言，应获全分;在质量标准、临床疗效评价、生产管理质量等方面，都有相关资质、专利等作支撑。
2010年5月18日，重庆天圣制药集团股份有限公司向重庆市卫生局提交了一份名为《恳请把我集团未中标的药品纳入中标范围的请求》。但该请求未获回应，最后三家公司决定起诉。
更关键问题是，原告方质疑被告重庆市卫生局直接组织、主持药品集中招标采购的资格。原告方代理律师宋道兰表示，重庆市卫生局作为行政监管部门，只能是药品集中采购的监督者，其直接从事药品集中采购系违法行为，“且在招标的具体事宜中，用主观评价对付客观评价，仅仅用两天时间就评价了9000多个品种。”
重庆市卫生局则辩称，依据卫生部等九部委《关于印发〈关于建立国家基本药物制度的实施意见〉的通知》(卫药政发[2010]78号)，“政府举办的医疗卫生机构使用的基本药物，由省级人民政府指定以政府为主导的药品集中采购相关机构按政府采购法和招投标法的有关规定，实行省级集中网上公开招标采购。”
该局表示，其并没有实施招标行为，是重庆市医疗机构药品和医疗器械集中采购领导小组牵头组织实施此次集中采购工作。该领导小组有多个成员单位，重庆市卫生局只是其中之一，而其具体办事机构――重庆市医疗机构药品和医疗器械集中采购领导小组办公室设置在卫生局。因此，重庆市卫生局并不是适格的被告。
重庆市卫生局还答辩称，今年参加重庆市基本药物集中采购报名的生产企业1185家，报价药品9091个，中标2542个，中标率达27.96%。湖北天圣清大制药有限公司的中标率26.67%，与全市的中标率相当。
不过，具有价格优势的药品未能中标，是原告方质疑的重点。刘群认为，他们的一些药品价格低于其他厂家却未能入围;其中有些药品价格低于中标价，甚至是经评审的投标价格中最低的，也没能入围。比如，同样是乌鸡白凤丸的水蜜丸，6克10袋装，太极集团重庆桐君阁药厂有限公司的中标价是16.36元，而其报价仅为12.89元却未能中标;同样是板蓝根颗粒10克20袋装，通化万通药业股份有限公司中标价是11.20元，而其报价是7.33元。
